Proceso de Fiscalización
En cuanto al proceso de fiscalización que ejecuta la Corte, el mismo puede resumirse de la siguiente manera:

Sinopsis

Con la vigencia de su propia Ley, el 4 de octubre de 1995, se instauró el ejercicio de la auditoría gubernamental. A través de ésta, la Corte examina y evalúa, en todas las entidades y organismos del sector público, los siguientes aspectos:

1) Las transacciones, registros, informes y estados financieros.
2) La legalidad de las transacciones y el cumplimiento de otras disposiciones.
3) El control interno financiero.
4) La planificación, organización, ejecución y control interno administrativo.
5) La eficiencia, efectividad y economía en el uso de los recursos humanos, ambientales, materiales, financieros y tecnológicos y
6) Los resultados de las operaciones y el cumplimiento de objetivos y metas.

Fases de la Auditoría Gubernamental 

Las acciones de control que la Corte realiza son:
•    Auditorías Financieras: si examinan los aspectos contenidos en los numerales 1, 2  y 3.
•    Auditorías Operacionales, cuando se refieran a los numerales 4), 5) y 6) y
•    Exámenes Especiales, que consisten en el análisis y revisión puntual de cualquiera de los seis numerales anteriores.
Para la práctica de la auditoría, la Corte está organizada en siete Direcciones:
•    Dirección de Auditoría Uno.
•    Dirección de Auditoría Dos.
•    Dirección de Auditoría Tres.
•    Dirección de Auditoría Cuatro.
•    Dirección de Auditoría Cinco.
•    Dirección de Auditoría Seis.
•    Dirección de Auditoría Siete.
El ejercicio de la auditoría está sujeto a planificación anual, por lo que todas las Direcciones de Auditoría tienen la atribución y responsabilidad, de elaborar sus planes de auditoría en relación con las entidades y organismos del sector público, sobre los que ejercen control.
 
Paso 1
Asignación de la Entidad a Auditar y Notificación de la Auditoría
Se comunica oportunamente a la autoridad máxima de la Institución a ser fiscalizada, que la Corte de Cuentas realizará auditoría; se le solicita que provea la información pertinente, para planificar dicha acción de control. 

Paso 2
Planificación
Con base a la información provista por la entidad y organismo a auditar, se elabora el “Memorándum de Planeación”, que contiene los objetivos, alcance y tipo de auditoría a ser realizada, así como los procedimientos a aplicar, el personal que desarrollará la misma, los costos y duración de la auditoría.

Paso 3
Ejecución
La ejecución de una acción de control, ya sea auditoría o examen especial, se realiza por parte de los auditores, con plena independencia ante la entidad u organismo fiscalizado, utilizando técnicas contenidas en normas de auditoría emitidas por la Corte de Cuentas, con el propósito de recopilar información a través de los procedimientos de auditoría que se encuentren contenidos en los programas respectivos, a efecto de obtener evidencias para fundamentar las conclusiones y recomendaciones. 
En el transcurso de la auditoría,  se comunica a la administración, por medio de “Cartas de Gerencia”, las observaciones o deficiencias detectadas, a efecto de que mientras los auditores aún se encuentran desarrollando su trabajo, se presenten las evidencias sustentatorias que las subsanen y se atiendan las recomendaciones que se hagan a la entidad fiscalizada.

Paso 4
Elaboración del Borrador de Informe
Después de recibir y analizar las respuestas a las “Cartas de Gerencia”, se procede a elaborar el borrador del Informe de Auditoría.

Paso 5
Lectura del Borrador de Informe de Auditoría
Se convoca a los titulares de la entidad y a los empleados que presuntamente aparecieren señalados, a una lectura del borrador de informe de auditoría, fijando un tiempo prudencial  de cinco días, para que si hubiere desacuerdo con su contenido, brinden las explicaciones o presenten las pruebas adicionales, que sirvan para subsanar las observaciones y hallazgos establecidos.
Hasta este momento no existe un informe definitivo de auditoría.

Paso 6   
Elaboración del Informe Definitivo de Auditoría
Después de haber sido analizadas, las pruebas o evidencias presentadas en la lectura  del borrador del informe por la entidad auditada, podrían desvanecerse algunas deficiencias y/o modificarse los resultados de la auditoría.

Realizado esto, se produce informe definitivo de auditoría, el cual se notifica y se traslada a las siguientes instancias, respectivamente:
A la máxima autoridad de la entidad u organismo auditado y a los servidores que resultaren relacionados con los hallazgos de auditoría.
A la Coordinación General Jurisdiccional para que lo distribuya a cualquiera de las cinco Cámaras de Primera Instancia.
Los informes definitivos de Auditoría, que no tuvieren hallazgos u observaciones, la Unidad en referencia,  los trasladará a la Dirección Jurídica, a efecto de elaborar las respectivas resoluciones de solvencia.